Los libros incautados a Nariño incluían clásicos griegos, latinos, españoles y franceses, y títulos de los más reconocidos autores del momento en materia política, filosófica y económica; y conviven sin problema obras divulgativas y populares con libros altamente especializados. El santafereño sabía conciliar la tradición humanística heredada (encarnada en la literatura, la gramática, la retórica, la jurisprudencia hispánica, las historias clásicas y las crónicas indianas) con los nuevos intereses en las “ciencias de la naturaleza” (física, química, geografía y mineralogía) y la economía política, el periodismo, la educación y la literatura e historia modernas. Finalmente, los libros de devoción, apologética cristiana y teología también campean en sus colecciones, lo que evidencia el peso que seguían teniendo las lecturas religiosas como formas privilegiadas de comprensión del mundo para este momento.
La segunda diligencia se llevó a cabo unas semanas después, el 20 de septiembre de 1794, en la celda de fray Andrés de Jijona, en el Hospicio de los Padres Capuchinos de Santafé. Allí fueron incautados 28 títulos y un total de 78 volúmenes que el hermano mayor del santafereño, José Nariño, había dejado en manos del religioso valenciano después de esconderlos en distintos lugares. El oidor Joaquín Mosquera y Figueroa, que adelantaba el proceso de Nariño, ordenó que se llevara a cabo un procedimiento de reconocimiento e incautación en ese lugar, pues algunos compañeros de Jijona habían comentado a oficiales militares que los libros estaban escondidos en el convento y la noticia ya corría como polvorín por la ciudad.
Estos libros dan cuenta del catálogo de lecturas prohibidas por la Corona, al mismo tiempo que dan luces sobre las lecturas que más curiosidad despertaba en los inquietos estudiantes de los colegios santafereños: obras de Voltaire, Raynal, Robertson, Holbach, Montaigne y Montesquieu; también la famosa colección de poesía erótica compuesta por Ovidio (el tomo V de Amores) y un librito titulado Les amours de Madame Lavariere, una de las más famosas compañeras sentimentales de Luis XIV. Y aunque eran libros prohibidos, todo parece indicar que Nariño contaba con autorización del deán de la catedral, Francisco Martínez D’acosta (a quien el santafereño prestaba libros), para leerlos y conservarlos por un tiempo. Según los fiscales del caso, estos libros se encontraban en pésimo estado, mojados y maltratados, “como si los hubiesen metido en el agua, de modo que cuesta trabajo, en no pocos, desunir sus hojas para leerlas”. Este descubrimiento garantizaba la inculpación definitiva del santafereño.