Contiene los libros que el sabio trajo cuando vino a América y los que fue adquiriendo durante su estadía en la Nueva Granada. Era la biblioteca de consulta de la Expedición Botánica. Son 4.600 volúmenes sobre historia natural, biología, astronomía, medicina y geografía. La biblioteca fue nacionalizada por el Estado colombiano, en 1822, por decreto del general Francisco de Paula Santander, quien ordenó trasladarla a la Biblioteca Nacional de Colombia, donde sus fondos se mezclaron con los de la biblioteca pública. A finales de la década de 1980 se creó el Fondo Mutis.