Gracias a una carta fechada en abril de 1794, escrita por el médico francés Luis de Rieux, quien frecuentaba la tertulia organizada por Nariño, se conoce el nombre del salón de reuniones donde esta se llevaba a cabo. En ella Rieux le dijo al santafereño: “si el amigo Zea hubiere llegado, dele vuestra merced muchas expresiones de mi parte, y manifiéstele el sentimiento que tengo de no poder encerrarme con vuestras mercedes en el Santuario”. En su momento, las autoridades virreinales le preguntaron a Nariño por el lugar, ante lo cual respondió:
[L]o que Rieux ha querido decir o dar a entender con el nombre de santuario ha sido la pieza interior del estudio del declarante, formada por el mismo diseño de que se ha hablado en estas diligencias […] el motivo que Rieux ha tenido para llamar santuario a la citada pieza, dimana de haberle oído decir al declarante, que pensaba encerrarse en ella como en un santuario para no tratar con nadie.
El Santuario era un espacio privado en la casa de Nariño, diseñado para ser sede de las reuniones de su círculo literario. Y, al igual que había ocurrido con la tertulia, es probable que al santafereño se le hubiera ocurrido la idea de adaptar un salón de su casa para tal fin, después de haberlo leído en uno de sus tantos libros. El recinto, que nunca se terminó de construir según las proyecciones iniciales, debía estar decorado con adornos significativos: inscripciones, dibujos alegóricos, plafones con retratos y un obelisco dedicado a la libertad.
Se sabe que Nariño diseñó el Santuario a inicios de 1794. En septiembre de ese año, pocos días después de que lo encarcelaran, les dijo a las autoridades virreinales que “el diseño es un borrador que tomó para él disponer la pieza de su estudio, y que hará el tiempo de siete u ocho meses que lo delineó y escribió”. Sin embargo, todo parece indicar que el salón servía desde antes como lugar de encuentro para las reuniones del Arcano, pese a no estar completamente acondicionado según los planes del santafereño.
Según la descripción más completa del Santuario que elaboraron las autoridades virreinales en los autos del proceso de Nariño, el estudio estaba compuesto por cuatro habitaciones: una para recibir a los invitados; otra destinada a albergar la biblioteca-librería; una más, que funcionaba como pasadizo, y otra, de forma rectangular, donde se estaba adecuando el Santuario. Según los fiscales, esta última se encontraba “en estado de estar sirviendo, como efectivamente servía al interesado”. Si bien se hallaban ya varios retratos completamente terminados en los plafones, otros se encontraban incompletos y en lugares diferentes a lo proyectado en el plano. Las inscripciones aún no se habían hecho. También fueron encontrados los bustos de Franklin y de Washington y algunos obeliscos pequeños.
Después de examinar algunos de los elementos del Santuario y analizar la Defensa de Nariño, las autoridades virreinales dieron su veredicto. Para ellas era evidente que el plafón dejaba al descubierto que Nariño sostenía sentimientos y principios opuestos a la legítima autoridad del monarca español. Su esmerada argumentación también fue puesta en su contra: “si Nariño discurre por su escrito como él manifiesta ¿qué se hablaría en su casa por los concurrentes a ella? ¿Cómo se tratarían estos asuntos en aquel cuarto fabricado al intento? ¿En aquel retrete, que ellos mismos llaman el Santuario?”.